Sur Galion de la galère, un bateau de pirate, Diddy Kong découvre une note écrite qui fait état de la capture de Donkey Kong par Kaptain K.Rool. Contre sa libération, ce dernier exige le stock de bananes de la famille Kong qu'il n'a pu obtenir dans le jeu précédent. Diddy et Dixie Kong tentent par la suite de le délivrer et, dans ce but, partent tous deux à l'aventure sur l'Île aux crocodiles. Aidés dans leur quête par de nombreux animaux, ils finissent par affronter Kaptain K.Rool et le vaincre, ce après quoi celui-ci s'échappe alors que le duo découvre la nouvelle zone « Monde perdu ». Dans celle-ci, une sorte de volcan où un geyser se situe au cœur de l'Île aux crocodiles, ils combattent à nouveau Kaptain K.Rool et réussissent à le terrasser. Alors que l'île sombre au fond de l'eau, Kaptain K.Rool s'échappe sur un petit bateau.
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Some time after Donkey Kong Country, Donkey Kong is relaxing on the beach, until he is ambushed by the Kremlings. He gets kidnapped and brought to Kaptain K. Rool, who demands the Banana Hoard he unsuccessfully tried to steal for a ransom from the Kongs. Diddy Kong and his girlfriend Dixie resolve to go to the Kremling's home island, Crocodile Isle, to rescue Donkey Kong. They travel through Crocodile Isle and are helped on their way by an assortment of animals to defeat Kaptain K. Rool. Diddy and Dixie eventually battle and defeat K. Rool, releasing Donkey Kong in the process. K. Rool manages to escape, and shortly after, Diddy and Dixie confront him in the Lost World, a secret area powered by a geyser at the heart of Crocodile Isle. They once again defeat K. Rool, who is hurled into the geyser, causing it to clog up and explode. The explosion causes all of Crocodile Isle to sink, as the Kongs watch K. Rool escape on a small sailboat.
